A jogabilidade deste jogo é uma combinação entre um jogo de RPG e um jogo de cartas colecionáveis. Todas as acções que fazes (excepto movimentares-te e saltares) é baseado em cartas (por exemplo, para um ataque físico, magia ofensiva/defensiva, usar itens, summons).[6]
As cartas são numeradas de 0 a 9, e podes apenas derrotar um ataque do inimigo se a tua carta ou combinação de cartas for maior que a dele. A excepção é a carta 0, que pode quebrar qualquer combinação mas também ser quebrada por qualquer carta dependendo de quando a usas. Quanto maior o número da carta (sendo 0 o maior e 1 o menor), maior será o número de Card Points que precisarás para a equipares. Premium Cards não precisam de tantos CP para equipares, mas não as poderás usar outra vez a não ser que uses uma carta que pode restaurar esse tipo de cartas.
Combinando cartas em sets de 3 irá criar ataques mais difíceis de quebrar porque o seu número é maior do que numa carta única. Mesmo assim podem ser quebradas por uma carta 0 se esta for usada no momento certo. Algumas combinações de cartas criam um "sleight", uma combinação especial que cria um poderoso ataque físico, feitiço mágico ou summon. O custo da combinação, sendo ela quebrada ou não (com a excepção das cartas Friends (amigos), que aparecem a certas alturas e permanecem no teu baralho apenas durante as lutas), é a perda da primeira carta da sequência e ela não será restaurada. Enquanto que as combinações são poderosas, elas podem rapidamente esvaziar o teu baralho.
Usando algumas das cartas dos inimigos podem também ter um efeito adicional. Além de receber temporariamente a habilidade especial associada àquela carta, Sora e Riku ficarão também resistentes e fracos ao mesmo tipo de dano, por exemplo, usar uma carta de Axel faz Sora resistente à magia à base de fogo, mas mais fraco à magia à base de gelo.
